Naruto Shippuuden

A história se passa dois anos e meio a partida de Naruto Uzumaki para um treinamento com Jiraiya para fora de Konohagaruke, preparado para enfrentar a organização de ninjas renegados, Akatsuki e salvar o seu melhor amigo Sasuke Uchiha das mão de Oruchimaru. Junto a ele estão os restantes membros da sua velha equipe, Kakashi Hatake, o antigo mentor e Sakura Haruno agora discípula da quinta Hokage Tsunade, que desenvolveu capacidades médicas extraordinárias, além de uma força sobre-humana. Mais tarde à equipe junta-se so Yamato, um membro de elite da força ANBU, conpanheiro mais novo de Kakashi e com habilidades identicas às do primeiro Hokage, e Sai um jovem ANBU pertencente a uma facção mais militarista de Konoha, que aparentemente não possui emoções. Akatsuki, a organização terrorista tem um objetivo, que é obter o poder das  9 bestas sagradas com cauda (Bijuus), consideradas pelos ninjas como a arma suprema, uma fonte infinita de chakra. Os seus nove membros irão tentar capturar as pessoas que possuem esses monstros no seu interior a todo custo. Naruto e Gaara, agora Kazekage, que também possuem esses Bijuus, são uns dos alvos da organização. Por outro lado vemos o caminho trilhado por Sasuke agora com Orochimaru, em busca da vingança contra o seu irmão, e a descoberta dos mistérios do clã Uchiha. Esta segunda parte de história tem muito mais ação e possui maior carga dramática que a primeira.